Przedsiębiorstwo w ujęciu funkcjonalnym podzielić można na trzy piony:

• pion administracyjno-prawny
• pion finansowo-ekonomiczny
• pion techniczno-inwestycyjny

W ujęciu strukturalnym w przedsiębiorstwie wyróżnić można oddzielne jednostki:

• Zakład Transportu i Oczyszczania Miasta (ZTiOM)- zajmujący się letnim i zimowym utrzymaniem dróg, ulic i chodników, odbiorem i transportem odpadów oraz utrzymaniem sprzętu mechanicznego,
• Zakład Unieszkodliwiania Odpadów - Składowisko (ZUO-Składowisko) – zajmujący się eksploatacją składowiska odpadów, doczyszczaniem surowców wtórnych pochodzących z selektywnej zbiórki, przygotowaniem surowców do odzysku i sprzedażą uprawnionym odbiorcom, obsługą „Rupieciarni”,
• Zakład Wodociągów i Kanalizacji (ZWiK)- zajmujący się eksploatacją ujęć wody, sieci wodociągowych, sieci kanalizacji sanitarnej i deszczowej oraz pompowni,
• Miejską Oczyszczalnię Ścieków (MOŚ) prowadzącą eksploatację mechaniczno-biologicznej oczyszczalni ścieków komunalnych,
• Laboratorium Badania Wody i Ścieków, które obsługuje Zakłady będące w strukturze MZK Sp. z o.o.

MZK Sp. z o.o. prowadzi eksploatację obiektów oraz remonty i konserwację. Własnością MZK są sieci kanalizacyjne i wodociągowe, oczyszczalnia ścieków, ujęcia wody, stacja uzdatniania wody, składowisko odpadów oraz elementy kanalizacji deszczowej.